Nachdem die mexikanische Nationalmannschaft bei den vier letzten Weltmeisterschaften, schon nach dem Achtelfinale ins Aus geriet, was drei verschiedene Trainer und ein “Auf und Nieder” der Mannschaft hervorrief, immer wieder neue Spieler nominiert wurden, kam die Rettung mit Javier Aguirre. Seine Zusammensetzung der Spieler, was eine 180-Grad-Kehrtwendung einbezog, ermöglichten ihnen, sich in der CONCACAF mit 10 Punkten auf den 2. Platz in Gruppe 2 zu hieven, um dabei das Ticket für Südafrika frühzeitig in ihre Tasche zu stecken.
Die Idee des Trainers, Cuauhtémoc Blanco als altgedienter Mittelfeldspieler, wieder zu mobilisieren, obwohl er schon seine Laufbahn beendet hatte, ist mit dem Erfolg einer sichtbaren Leistungssteigerung gekrönt. In Blancos Umfeld konnten alle, neben dem Kapitän Rafael Márquez, wie Giovani dos Santos, Guillermo Ochoa, Andrés Guardodo oder Efrain Juárez, von seiner Erfahrung und der Strategie des Trainers profitieren.
Schon 1999 bewies Javier Aguirre sein Know-how als Trainer, als er den FC Pachuca, den niemand kannte, zur Meisterschaft verhalf. Dies brachte ihm das Traineramt für die Nationalmannschaft ein. Gleich zu Anfang rettete er die Mexikaner für die Qualifikation 2002 Korea/Japan, um zwar gerade so die Endrunde zu erreichen, doch brachte er sie immerhin bis zum Achtelfinale und das trotz sehr starker Gegner. Nach der WM erreichte er mit dem spanischen Klub CA Osasuna 2005/6 die Qualifikationsrunde der UEFA Champions League. Darauf folgte der Trainerposten bei Atletico Madrid. Anfang 2009, nach Beendigung seiner Anstellung in Madrid, kehrte er als Rettungsanker für die mexikanische Nationalmannschaft zurück.